As regras do Pinogol3D são bem simples. Cada jogador tem que tentar marcar gols usando o número de lances determinado nos parâmetros de jogo, na sala de jogos. Em cada lance o jogador atacante deve primeiro determinar a direção do chute e depois a força, ambos movimentando o mouse e clicando para confirmar.

Caso a bola saia pela lateral ou pela linha de fundo o jogo para e a bola passa para o time adversário. No final vence quem marcar mais gols.

Antes do último lance do jogador atacante, o jogador defensor pode mudar a posição de seu goleiro dentro da área, dificultando o chute do adversário.

Cada lance tem um tempo que é determinado pelo jogador, nos parâmetros de jogo, na sala de jogos. Se o seu tempo de lance se esgotar, você perde a chance de fazer esse lance e vai para o próximo lance. Se o seu número de lances estiver esgotado, a vez passa a ser do outro jogador.